アブシジン酸は糠(ぬか)に含まれる植物ホルモンで、未成熟の種子の休眠、乾燥を防ぐ気孔の閉鎖などを誘導します。人のカラダではアブシジン酸が活性酸素を多量に生成することでミトコンドリア傷つけるといった説があります。アブシジン酸は種子が発芽すると役目を終えるために自身の酵素（CYP707A）によってファゼイン酸に分解されます。

フィチン酸は強力なキレート（金属イオンへの結合）作用を持ち人のカラダで毒素と結合して排出されるのでデトックス効果があると共に、ミネラルとも結合して排出されるので栄養を失う可能性があるとも考えられます。これは米にとっては発芽のため糠部分に多くのミネラルを保持する役割があるのに対して、人のカラダではミネラルと結合するとサイズが大きくなり腸で吸収できないため排出される生体反応の違いによります。アブシジン酸と同様の方法で玄米を発芽させると、脱リン酵素とも呼ばれるフィターゼが活性化してフィチン酸の中心核「イノシトール」にくっついている６個のリン酸を全部切り離して分解（アンキレート）します。この仕組みは発芽の際にリン酸を利用するためです。全て分解されるわけではないようなのでフィチン酸の残留を懸念する意見もありますが、先に記載したようにフィチン酸にはデトックス効果もあり、玄米自体にミネラルが多いのでカラダの中でバランスが保たれる食材だと思います。

玄米を発芽させる適温は、「積算温度」で約100度（おおよそ30度の状態を3.3時間）でだいたい発芽します。酵素は水温が40度で活動停止して60度で分解するので35度前後の温度で6時間程度が目安です。実際にお米を見ると胚芽の部分が膨らむのでわかります。芽の出る部分の突起が今にも芽生えそうになり栄養素が凝縮された最良の発芽状態になったら炊き始めます。一旦発芽が始まると常温ではどんどん芽が出てしまいますので、すぐに炊かない場合は、水を切り、タッパなどに入れて冷蔵庫で保管してください。１週間程度は保存可能です。これ以上発芽が進むとせっかくの栄養素が芽の部分に吸い取られてしまい臭みも出てきます。 お釜や通常の炊飯器を使用する場合にお湯を適温で維持するのが難しいので、お米を簡単に洗浄後、常温なら36時間程度浸水させます。気候（夏場：36-40時間、冬場：44-48時間が目安）によっても変わるので最初は自身の目で確認することをお勧めします。発芽の際には匂いを発するので気になる方は水を入れ替えてください。発芽機能のついた炊飯器の場合は上記目安の35度前後の温度で6時間程度で炊き始められるものもありますので、時間と手間を節約したい人にお勧めです。

玄米を小豆と塩と一緒に炊いて3日程度保温してからいただきます。3日間保温することで玄米から水分が抜けて均一になりモチモチした食感になります。割合はお赤飯の小豆・塩少な目（だいたい 玄米：小豆：塩 | 1:0.08:0.005）を好みで合わせます。そのまま発芽玄米の行程で洗浄・浸水・炊き上げて、15分程度蒸らしたら天地返しをします。64～70度（腐敗菌の殺菌のためにも高温にします）で3日ほど保温し、1日に1回天地返しをします。3日置いてから食べ始めて10日間ほどを目安に食べ切ります。保温して日を追うごとに徐々に玄米の色が褐色に変わっていき色が濃くなるのはメイラード反応と呼びます。玄米と小豆の糖とアミノ酸を加熱したときに見られる褐色物質メラノイジンを生みだす反応で、メラノイジンには抗酸化作用、動脈硬化予防、高脂血症予防、整腸作用があります。他にも玄米の糠に含まれている酵素が働いて、アミノ酸の一種である GABA（ガンマ-アミノブチリル酸）が増えます。